Le origini
Fu scelto come sito per le loro capanne circolari, già dagli uomini preistorici di epoca neolitica, all'incirca nel 3000 a.C. Lo testimoniano i reperti trovati negli scavi sul monte Santa Sofia, ormai inglobato nell'attuale centro urbano. Altri scavi, effettuati precedentemente in contrada Cazzato e contrada Pozzo Palo, a qualche chilometro dal paese, hanno riportato alla luce molti altri frammenti di ceramiche della stessa era.
Venne abitato certamente anche in epoca greca, perché il sito essendo elevato, ben difeso dalla natura e provvisto di acqua sorgiva, costituiva una ottima condizione abitativa. Ancora oggi dalle rocce circostanti il monte Santa Sofia sgorga la cosiddetta funtaneddhra (fontanella). Certamente la sua posizione geografica, a metà strada tra i messapi di Manduria ed i greci di Taranto, unita alla fertilità della valle lungo l'attuale arteria SS 7 Ter, avrà creato in quei tempi non pochi problemi e conflitti di appartenenza.
Ma di tutta questa storia, lunga millenni, non ci è rimasto nulla, tranne il monte, dove si sta tentando ora di leggere a grosse linee quegli avvenimenti osservando le pietre, con l'aiuto dei tecnici della Sovrintendenza ai Beni Culturali.
Nel 1905, in località Mancini (ad ovest dell'abitato) fu rinvenuto un "tesoretto" contenente alcune monete appartenenti alle zecche di Taras, Metapontion e Thurii del 313 a.C. (cfr. Carducci, pag. 34) e questo certifica la frequentazione di queste terre nel tempo della civiltà magnogreca.
Il periodo romano
Ma furono i romani a darne l'attuale nome. Infatti il sito è vicinissimo all'antico tracciato dell'Appia antica, l'ultimo tratto di quella grande arteria che partendo da Roma univa nel suo ultimo sforzo Tarentum con Brundisium, porto dell'impero verso l'Oriente. Naturalmente tutti i soldati che facevano la spola tra l'Italia e le province, passavano da qui.
Verosimilmente il toponimo deriva dal gentilizio romano Freganius, nome di un personaggio a cui furono affidate queste terre o per meriti personali o per ragioni militari, come da consuetudine presso i romani.
Il passaggio dal nome proprio Freganius alla dizione Freganianus, è poi ottenuto con l'aggiunta del suffisso -anus che indica l'appartenenza. Nella cartografia del Settecento, è ancora riportato Fregagnano, con la E, ma nella forma dialettale moderna è in uso solo la dizione con la A: infatti si dice Fragnanu e non Fregnanu. A testimoniare l'epoca romana, c'è un tesoretto di quattro monete di epoca repubblicana e rinvenute da un contadino nel 1904 in un terreno vicino ad un monte, attualmente custodite nel Museo nazionale di Taranto e c'è anche una stele funeraria, recante una scritta in latino, rinvenuta in un campo nei dintorni della zona archeologica.
Dal Medioevo al XX secolo
In età medievale, nell'anno 1278, essendo già scomparso l'imperatore Federico II di Svevia, che aveva fatto edificare torri e castelli ovunque (es. quello maestoso della vicina Oria) allo scopo di contrastare gli attacchi dei saraceni nell'Italia meridionale inviando cavalieri francesi guidati da Carlo D'Angiò, che conquistarono il Regno di Napoli.
Il 23 settembre 1923 Fragagnano entra a far parte, insieme alla parte occidentale della Terra d'Otranto, della Provincia dello Ionio (Provincia di Taranto dal 1951), nata per gemmazione dall'antica provincia leccese.